Маркакольский заповедник расположен в горах южного  Алтая, на территории Восточно-Казахстанской области. Площадь его  71.4 тысяча га. В состав заповедника входят горно-степные горно-лесные ландшафты Маркакольской межгорной впадины и окаймляющих  ее горных хребтов, а так же значительная часть водной  поверхности озера Маркаколь. Основные типы охраняемых ландшафтов  -  горные склоны Курчумского хребта, озеро Маркаколь с наклонной приозерной равниной, пересеченной несколькими горными  речками,  самой крупной из которых является река Тополевка. Горы на  территории заповедника имеют абсолютные высоты от 1485  м.  (озеро  Маркаколь) до 3370 м. В горах отчетливо выражены высотные пояса: лугово-степной, горно-таежной, альпийских и субальпийских лугов и ледниково-снеговой. Наибольший интерес вызывает природный  комплекс светлохвойной (лиственница-сибирская) и темнохвойной (ель и пихта) тайги на склонах Курчумского хребта. В лесу много кустарников: черемуха, смородина, боярышник, шиповник. Богаты разнотравной злаковой растительностью горные луга.  Многие  растения имеют лекарственное значение (маралий  и  золотой  корень).

Богат и разнообразен животный мир заповедника. Здесь встречается 39 видов млекопитающих, около 200 видов птиц. Среди них  косули бурый медведь, рысь,  рассомаха,  белка-телеутка, холонок, алтайский улар и многие другие.

Особый интерес вызывает горное озеро Маркаколь тектонического происхождения, лежит оно на высоте 1485 м. над уровнем моря, площадь 544 км2, наибольшая глубина озера 27 м. В озере водится очень редкая рыба сиг-ускуч.

Шесть заповедников на территории Казахстана не  охватывают всего разнообразия природных условий. Поэтому целесообразна организация еще нескольких. В первую очередь их следует организовать в долине реки Урал, в низовьях реки Тургай,  в  лесо-степной зоне Северного Казахстана, в пределах глубочайшей  впадины, на территории СНГ, Караше - на Мангышлаке, на плато  Устюрт,  в Джунгарском Алатау, в горах Саур и Тарбаготай, в  низовья  Ереминтау и Кент в Центральном Казахстане, в горах Каратау, в песках Кызылкум и в пределах ряда других ландшафтов Казахстана.