Первые рептилии были представлены в коллекции Московского зоопарка со дня его основания. Это были два вида - обыкновенный уж и тигровый питон - всего семь экземпляров, содержавшиеся в террариумах разных павильонов, в основном в Доме птиц и Аквариуме . Иногда, в последующем при проведении тех или иных выставок, количество рептилий в Московском зоопарке достигало 10 видов и 50 экземпляров.

В конце июля 1878 года в Зоологическому саду была устроена 2-ая Акклиматизационная Выставка . Ко времени открытия выставки в Зоологическом саду был создан довольно хороший отдел аквариумов и террариумов, при только что устроенной лаборатории Зоологического сада. Его составил помощник заведующего лабораторией сада Н.В. Насонов. Отдел остался в Зоосаду, и после окончания выставки. С этого времени террариумы с земноводными и пресмыкающимися всегда были представлены в Московском зоопарке в том или ином числе, хотя часто перемещались из одного здания в другое. Поэтому есть все основания считать 1878 год  годом создания герпетологической коллекции Московского зоопарка.

Однако полноценное помещение для отдела герпетологии было построено в Московском зоопарке только в 1926 г. Тогда на Новой территории был построен Остров зверей , на 2-ом и 3-ем этажах которого и разместился Террариум . Вокруг здания располагались открытые летние вольеры и загоны для рептилий. С вводом его в эксплуатацию в 1927 г. коллекция рептилий Московского зоопарка возросла до 70 видов и поддерживалась на таком уровне многие годы. Только во время Второй мировой войны герпетологическая коллекция была почти полностью расформирована, а на здании Террариума были размещены зенитные орудия. Лишь отдельные виды пресмыкающихся содержались в эти годы в павильоне Аквариума - это были аллигаторы, некоторые полозы и желтопузики.

В разные годы в Террариуме Московского зоопарка работали многие выдающиеся биологи. Среди них можно отметить Алексея Михайловича Сергеева - в последующем почетного члена Московского Университета, специалиста по эволюции рептилий. Имя А.М. Сергеева вписано золотыми буквами на доске почета Московского Университета им. М.В. Ломоносова.

Романа Хесина-Лурье - всемирно известного ученого генетика, член-корреспондента Академии наук СССР, который осуществлял свои первые работы на ящерицах на базе Террариума Московского зоопарка. С 1934 по 1939 годы он был членом Кружка Юных Биологов Зоопарка, вплоть до поступления на биологический факультет МГУ.

Илью Сергеевича Даревского - он работал в Террариуме Московского зоопарка в 1946 - 1947 годах. В последующем, с 1962 года доктор биологических наук, зав. лабораторией орнитологии и герпетологии Зоологического Института РАН, член-корреспондент РАН, профессор Калифорнийского университета и Института зоологии Армении.

Валентину Федоровну Орлову - она работала в Террариуме Московского зоопарка в 1956 - 1957 годах. В последующем, с 1962 г. зав. отделом герпетологии Зоологического музея МГУ, кандидат биологических наук, одна из ведущих герпетологов России.

Из заведующих отделом герпетологии Московского зоопарка нужно упомянуть Серафима Мяздрикова и Володю Гринберга.

В 1940 г. в Террариуме Московского зоопарка начал работать в качестве научного сотрудника, окончивший в этом году биофак МГУ, Виктор Веницианович Черномордиков.  Он работал заведующим террариумом Московского зоопарка по 27.07.1951 г. Он не только внес неоценимый вклад в создание герпетологических коллекций Московского и Ленинградского зоопарков, но и стал одним из основоположников всей отечественной прикладной зоопарковской герпетологии и террариумистики.

С 1946 по 1980 год заведующей отделом герпетологии была Зоя Николаевна Ковалева, а с 1980 по 1985 год - Владимир Егорович Фролов, ставший в последующем  заместителем директора Московского зоопарка.

В 1981 г. в отдел герпетологии пришел Сергей Васильевич Кудрявцев, сменивший в 1985 году В.Е. Фролова на посту заведующего отелом герпетологии.

В 1990-х годах коллекция рептилий Московского зоопарка была переведена в старое реконструированное двухэтажное здание и располагается там до настоящего времени. К сожалению, небольшой экспозиционный зал Террариума позволяет демонстрировать не более 10 процентов имеющейся коллекции. Остальные площади используются только для содержания и разведения редких и проблемных видов рептилий.

Именно в 1980-е годы начался самый активный этап в развитии отдела герпетологии Московского зоопарка. Коллекция амфибий и рептилий постоянно увеличивалась, и в конце 1990-х годов в ней насчитывалось 226 видов и 846 экземпляров. Размер коллекции с тех пор и до настоящего времени изменился незначительно.

В эти годы сотрудниками отдела было опубликовано более 170 научных и научно-популярных статей и 6 книг по вопросам террариумистики и прикладной зоопарковской герпетологии. Работы сотрудников отдела герпетологии Московского зоопарка по разведению редких видов ядовитых змей отечественной фауны (среднеазиатской кобры и почти всех редких гадюк Кавказа) легли в основу всех последующих работ коллег из других зоопарков в этой области. Так же в эти годы сотрудниками отдела герпетологии Московского зоопарка были организованы и проведены многочисленные экспедиции по республикам Средней Азии, Закавказья, по Дальнему Востоку и другим регионам бывшего СССР. В последующем сотрудники отдела принимали участие в многочисленных экспедициях за рубежом, включая труднодоступные районы - на архипелаге Рюкю (Япония), в Восточной, Западной и Южной Африке, во Вьетнаме, Таиланде и Камбодже, на Яве, Суматре, Новой Гвинее и других о-вах Индонезии, в южных и восточных штатах США и многих других регионах мира. За эти годы были установлены многочисленные прочные деловые контакты с зарубежными зоопарками, зоологическими институтами и другими организациями более чем в тридцати  странах мира. Среди них такие всемирно известные организации как Институт Бутантан (Бразилия), Японский Институт змей, Институт Рази (Иран), Мемориальный музей королевы Саовабхо (Таиланд), Национальный музей Кении, Гетеборгкий университет (Швеция).

В последние годы основной акцент в работе отдела делается на изучение репродуктивной биологии и отработку методик долгосрочного содержания и разведения в неволе редких и проблемных видов, преимущественно ядовитых змей мировой фауны.