Для сохранения уникальных и типичных уголков дикой природы, ценности объектов истории и культуры необходимо постоянно прилагать специальные усилия по снижению негативного воздействия, предотвращению или минимизации ущерба от хозяйственной деятельности человека на данной территории. Такие качества природных комплексов, как «уникальность» и «типичность», для целей сохранения нуждаются сегодня в специальном управлении.

В целях защиты природных комплексов национального парка от неблагоприятных антропогенных воздействий на прилегающих к внешним границам национального парка участках земли и водного пространства создается охранная зона с ограниченным режимом природопользования.

Разнообразие природных комплексов и методов управления ими, а также множественность воздействий на них со стороны посетителей, хозяйствующих субъектов и местного населения представляют основную проблему управления в национальном парке. Для того чтобы в этих условиях эффективно решать стоящие перед парком задачи, используется функциональное зонирование территории – разделение ее на участки с различным режимом охраны и использования.

Основные положения функционального зонирования территории конкретного национального парка определяются на стадии подготовки материалов обоснования его организации и детализируются в Схеме его организации и развития. Утвержденное функциональное зонирование находит отражение в Положении о данном национальном парке и является важнейшей основой для принятия частных решений по управлению всеми видами деятельности на его территории

Определение границ – важная и очень ответственная процедура, поскольку их местоположение практически окончательно  устанавливается уже на этапе выбора и согласования территории будущего национального парка. Вычисленная в пределах  границ национального парка его общая площадь, с указанием состава земель, предоставленных парку и включенных в его состав без изъятия из хозяйственной эксплуатации, находит затем отражение в решении Правительства Российской Федерации о создании национального парка.

Территория любого национального парка характеризуется значительной неоднородностью, поэтому необходимо изначально определить, каков будет характер использования каждого из участков парка и как будет развиваться его инфраструктура. Противоречивость задач национального парка ставит при его организации весьма сложную проблему: сохранить для потомков образцы нетронутой природы и одновременно предоставить возможность людям беспрепятственно посещать наиболее интересные  природные и культурные объекты. Существует множество инструментов, позволяющих устранить эти противоречия. К ним в первую очередь следует отнести принятие оптимальных архитектурно-планировочных решений, проведение функционального зонирования и разработку планов управления национального парка