Континентальная часть парка представляет собой болотистую низменность с уникальной экосистемой. Правда, ее поддержание уже во многом искусственное, и даже болота сейчас подпитывают через систему каналов. Когда-то естественное увлажнение южной части полуострова обеспечивал сезонный сток из расположенного несколько севернее парка озера Окичоби. Благодаря рельефу вода из озера растекалась потоком 50-мильной ширины, прозванным индейцами «рекой травы». Хотя глубина этого потока была небольшой — по колено, он вполне обеспечивал влагой обширные площади южной Флориды. Тысячелетиями здесь складывалась благоприятная среда из болот и тропических джунглей, в глубине которых обитают многочисленные виды птиц рядом с древними рептилиями, ставшими сегодня своеобразными визитными карточками национального парка. Но XX век поставил существование этой дикой жизни под угрозу. Начиная с 40-х годов во Флориде прорыли более 1 900 миль водных каналов, из которых брали воду для сельскохозяйственных нужд, а берега Окичоби заковали в бетонные набережные. Бурно разросшиеся фермерские хозяйства в большом количестве использовали пестициды, попадавшие затем с полей в воду и постепенно отравлявшие ее. Позже биологи заметили отклонения в развитии аллигаторов и некоторых других видов и связали это именно с широким применением здесь в прошлом ядохимикатов.

В довершение всего полуостров пересекла автомагистраль, проложенная с востока на запад по дамбе, перекрывшей естественный сток от озера. Болота стали высыхать, и в итоге над флорой и фауной Флориды нависла опасность исчезновения. Только в 1989 году правительство начало выполнять программу восстановления водного баланса Эверглейдс, без которого невозможно сохранить редкостный мир полуострова.