Национальные парки должны стремиться к сохранению не только поверхностных, но и подземных вод как неотъемлемых элементов экосистем национального парка. Управление водными объектами должно осуществляться на основе бассейнового подхода, при котором основной единицей, имеющей свою систему экологических регламентаций (режимов природопользования), является водосборный бассейн.

Администрации национального парка необходимо приложить усилия для обеспечения на всей территории водосборного бассейна экологически целесообразных режимов и методов природопользования, способствующих сохранению и восстановлению водных объектов.

Меры по охране водных объектов определяются водным законодательством Российской Федерации. При их выборе особое внимание следует уделить решению таких задач, как:

· идентификация источников воздействия на водные объекты, находящиеся на территории парка;

· участие в регулировании водохозяйственной деятельности;

· вывод из водоохранных зон и прибрежных полос (прежде всего пойм) складов химикатов и горюче-смазочных материалов, животноводческих комплексов, ферм, мест складирования и захоронения промышленных, бытовых и сельскохозяйственных отходов, кладбищ и скотомогильников, накопителей сточных вод;

· обеспечение выполнения мер охраны берегов водных объектов от эрозии.

Меры по управлению водными объектами разрабатываются национальными парками совместно со специально уполномоченными государственными органами и другими заинтересованными сторонами на основе научно обоснованных бассейновых (региональных) приоритетов в отношении  охраняемых водных объектов, воздействующих на них источников, загрязняющих веществ и т.п.

При реализации мер по управлению водными объектами национальные парки поддерживают инициативы в области экологического мониторинга, экологического образования и просвещения населения, развития добровольной экологической деятельности хозяйствующих субъектов.

Национальные парки активно участвуют в регулировании отношений в области охраны и использования водных объектов в целях сохранения биологического разнообразия водных экосистем; защиты водных объектов от загрязнения, засорения и истощения; поддержания  качества поверхностных и подземных вод в состоянии, отвечающем экологическим и санитарным требованиям.

В национальных парках необходимо избегать преобразования и хозяйственного использования пойменных земель. Где этому нет альтернативы, следует принимать меры по снижению возможного вреда для их естественной ценности. Управление этими землями производится в соответствии со специальными программами, разрабатываемыми национальными парками  совместно с органами государственной власти.

В целях обеспечения охраны и рационального использования пойм и сильно увлажненных земель национальным паркам совместно с заинтересованными организациями необходимо:

· произвести оценку водного баланса пойм и увлажненных земель, находящихся в зоне хозяйственного освоения;

· определить опасные затопленные территории и принять меры по снижению риска для людей и имущества.